Ostatni jednorożec wyrusza w świat by odkryć co się stało z resztą jego gatunku. Podczas drogi spotyka wiele różnorodnych i interesujących postaci - głupiego magika Schmendricka, wrażliwą kobietę w średnim wieku Molly Grue, złego króla Haggarda.

W pewnym lesie, który jest wiecznie zielony i nigdy nie pada w nim śnieg oraz trwa wieczna wiosna żyje ostatni na świecie jednorożożec, który ma pod opieką wszystkie znajdujące się w nim stworzenia. To dlatego właśnie myśliwi boją się w nim polować. Jednorożec – nazwa ich wywodzi się z łaciny od słów: unus - jeden, i cornu - róg. Wspaniałe, przypominające konia, zwierzę z jednym rogiem, widzialnym jedynie dla tych, którzy ich szukają i w nie wierzą. Często mylone z białą klaczą. Ich gatunek jest bezpieczny tylko w swoim lesie, poza nim stają się zwykłym ... koniem.
Jednorożec, który jest piękną klaczką nie wierzy, że mogłaby być ostatnią z rodu. Dowiaduje się od motyla, że jeśli będzie dzielna, odnajdzie inne. Wszystkie odeszły wiele lat temu, a Czerwony Byk podążał za nimi, zacierając ślady. Jednorożec niepomny na niebezpieczeństwa wyrusza na poszukiwanie swych pobratymców.

Piękny jednorożec dowiaduje się, ze jest ostatnim z własnego gatunku, Nie wierząc w to wyrusza z własnego bezpiecznego lasu w świat szukając innych jednorożców, które najprawdopodobniej odeszły daleko, daleko, uciekając przed tajemniczym Czerwonym Bykiem. Wyruszając z lasu pozbawia wszystkie zwierzęta własnej opieki, ale obiecuje im szybki powrót. Po długiej podróży spotyka pierwszego człowieka, który widzi w niej tylko piękną klacz. Jednorożec jest teraz przekonany, że istnieją inni przedstawiciele jej gatunku, tylko, że ludzie ich nie widzą. Pewnej nocy podczas snu za pomocą czarów Mommy Fortuna, właścicielka objazdowego Karnawału o Północy z główną atrakcją: Stworzeniami nocy w świetle dnia, chwyta jednorożca do klatki. Okazuje się, że jej stworzenia nocy są zwykłymi zwierzętami, które za pomocą magii wydają się ludziom magicznymi stworami. Młody czarodziej Schmendrick również widzi prawdziwą naturę jednorożca. Jedynym autentycznym baśniowym zwierzęciem w grupie Mommy Fortuny jest Harpia. W nocy Schmendrick uwalnia jednorożca, a ten z kolei wypuszcza wszystkie uwięzione zwierzęta. Na koniec uwalnia również Harpię, która zabiją Fortunę. Jednorożec ze Schmendrickiem wyruszają razem w dalszą podróż. Szukając śladów innych jednorożców i Czerwonego Byka trafiają do królestwa Haggarda ...

Jednorogini żyje samotnie w swoim lesie nie czując upływu miesięcy ani lat. Pewnego dnia ukryta wśród drzew jest świadkiem rozmowy dwóch myśliwych. Jeden z nich widząc, że jest to las jednorożca zwraca się do niej ze słowami : "Zostań w ukryciu biedne stworzenie, to nie jest świat dla Ciebie. Zostań w swoim lesie, ochraniaj przyjaciół i niech drzewa będą tu wiecznie zielone. Życzę Ci powodzenia, bo jesteś ostatni". Po tych słowach Jednorogini bijąc się ze swoimi myślami postanawia wyruszyć w świat by przekonać się czy naprawdę jest ostatnia. Pierwszą postacią, którą spotyka jest Motyl śpiewający piosenki. To on jako pierwszy w opowieści wspomina o Czerwonym Byku podążającym za Jednorożcami. Ta informacja
przekonuje ostatecznie bohaterkę i w końcu opuszcza las, czując, że musi pomóc swoim pobratymcom. Po kolejnym spotkaniu, tym razem z wieśniakiem, dowiaduje się, że być może Jednorożce nie zginęły lecz jedynie przestały być rozpoznawane przez ludzi. Jej droga do poznawania prawdy jest długa i kręta. Mateczka Fortuna, Schmedrik, Molly Grue, Król Nędzor, i wreszcie książę Lir to postacie, które stają na jej drodze i pomagają, każde na swój sposób, w dotarciu do tajemnicy Czerwonego Byka. Jednorogini stoczy z nim walkę na wpół będąc sobą a na wpół Lady Amaltheą...

Film na podstawie słynnej pięknej baśni, o jednorożcu, który postanawia wyruszyć w nieznany świat, przekonać się, czy naprawdę jest ostatnim przedstawicielem gatunku i wyjaśnić okoliczności zniknięcia innych jednorożców. Podczas poszukiwań ma wiele niezwykłych przygód, a także napotyka przeszkody, które są dziełem różnych złych mocy i nieżyczliwych ludzi. Na szczęście spotyka też osoby, które pomagają w poszukiwaniach, m.in. maga Schmendricka, któremu jednak nie wszystkie czary wychodzą. Jednorożec pod postacią pięknej dziewczyny udaje się do zamku, którego władca okazuje się bezwzględnym porywaczem jednorożców i więzi je w jeziorze.